آنتیبیوتیکها باید با تجویز پزشک مصرف شوند، زیرا استفاده نادرست از آنها میتواند به شکلگیری مقاومت میکروبی منجر شود؛ مشکلی که برخلاف عوارض معمول یک دارو، فقط فرد مصرفکننده را درگیر نمیکند و میتواند از طریق انتقال میکروبهای مقاوم، سلامت افراد دیگر را نیز تهدید کند. مصرف آنتیبیوتیک برای بیماریهای ویروسی مانند بسیاری از سرماخوردگیهای ساده نیز نقشی در درمان ندارد.
قطع دارو به محض برطرف شدن علائم نیز میتواند مشکلساز باشد؛ زیرا کاهش علائم لزوماً به معنای از بین رفتن کامل باکتریها نیست. باکتریهای مقاومتر ممکن است باقی بمانند و دوباره تکثیر شوند و در ادامه، عفونت شدیدتر یا درمان طولانیتر و دشوارتری ایجاد کنند.